综合科

负责政务公开、文电、会务、文秘、档案、机要、信访、督办、财务、政府采购、固定资产管理、风险防控、后勤保障等机关日常工作，编制资金预算并组织实施。承担党建、人才、纪检、组织人事、宣传、意识形态、统战、机构编制、群团建设、安全生产等工作。

规划建设科

承担本枢纽区域发展规划编制，协调推进本枢纽区域开发建设、产业布局，提升站（港）产城协同效应和融合发展。协调推进本枢纽区域重大投资项目建设。配合做好本枢纽区域相关信息数据收集、融合、分析、共享及利用，推动枢纽经济高质量发展。

产业发展科

承担本枢纽区域产业策划，做好枢纽经济产业发展工作。承担枢纽经济发展和阶段性问题研究。跟踪、研究国家有关产业政策和各类经济信息，拟订促进本枢纽区域产业发展措施。承担本枢纽区域招商引资工作。协调本枢纽区域重大项目落户工作，协调解决招商项目有关问题。

交通协调科

协调交通枢纽不同交通方式之间的衔接、集散、转换。负责做好与相关铁路部门和省、市有关职能部门、事业单位、社会团体及公用事业服务单位等的沟通协调工作。做好广州白云站交通组织、交通安全监管宜教、运输市场秩序维护、大型活动交通保障协调等工作，保障重大节假日和重要活动高峰期的客运工作。协调轨道交通、市政配套和省、市、区重点项目的建设工作。

宣传事务科

承担本枢纽区域宣传工作，负责广州白云站区域信息发布、综合咨询服务。统筹协调舆情处置、志愿服务和文明创建工作，协调各方提升服务质量，打造新时代广州城市新形象的文明窗口和亮丽名片。

社会事务管理科

负责广州白云站枢纽区城城市管理和社会事务管理的综合协调工作。协调有关部门（单位）按照各自职责维护管理好广州白云站枢纽区域的社会治安、市场秩序、公共卫生及环境卫生等。建立健全综合指挥协调调度机制，及时报告广州白云站枢纽区城重大情况和动态，协调处理突发公共事件。协调市或区执法队伍在广州白云站枢纽区域开展行政执法行动，并督促有关部门（单位）做好管理工作。